V domoznanske zbirke vključujemo knjižnično gradivo, ki se po vsebini nanaša na območje, je nastalo na tem območju ali so ga ustvarili avtorji s tega območja. Poleg domoznanskih zbirk hranimo tudi nekatere posebne zbirke, kot so zbirke redkih tiskov, slikovnega gradiva in zapuščine.
Vse domoznansko gradivo je dragoceno, ne samo redko, staro in zgodovinsko, ampak tudi novo in sodobno. Zbirka kot celota predstavlja kulturni in bibliografski unikum, ki mu je treba zagotoviti neokrnjenost in nenehno dopolnjevanje. Zaradi tega je treba tako gradivo varovati in izposojati pod posebnimi pogoji.
Domoznansko gradivo je ločeno od ostalega gradiva v knjižnici. Postavljeno je po sistemu tekoče številke, numerus currens in se izposoja prezenčno v knjižnici. Monografskih in serijskih publikacij z neknjižnim gradivom, torej knjig, časnikov, zemljevidov, fotografij, razglednic, muzikalij, avdio, video in digitaliziranega gradiva je okoli 30000 enot.
Najstarejša in najpomembnejša med posebnimi zbirkami je zbirka Rara – to je zbirka redkih in dragocenih kodeksov in knjig. Kodeksi so rokopisne knjige. Dragocene so tudi inkunabule ali prvotiski, ki so prvenatisnjene knjige pred letom 1501. Pravijo jim tudi papirnati sadeži. Hranimo šest prvotiskov. Omeniti velja še dragocene knjige iz 16. in 17. stoletja, t.i. cinquecentine in seicentine, med katerimi zagotovoizstopajo velike korne knjige, natisnjene v sloviti tiskarski delavnici Luc’Antonie Giunte v Benetkah.
 |  |  |
Grofje Grisoni so bili zelo premožni, kar je razvidno iz najlepše in najbolj bogate zasebne knjižnice v Kopru. Knjižnico je postavil Francesco Grisoni z nakupom številnih knjig na trgovskih potovanjih in jih je poslal v prevezavo v sam Pariz, središče tiskarstva, da bi celotna knjižnica dobila videz enovite zbirke, kar lahko še danes občudujemo. Knjige so postavljene v tri dvojne omare, vsaka z dvojnimi vrati in v vsaki je po sedem polic. Omare so izdelane iz kostanjevega lesa in zastekljene s kristalnimi šipami. Grisonijeva knjižnica obsega 4000 knjig in je imela v času ustanavljanja prve javne knjižnice v Kopru vsaj dvakrat večji fond. Knjižnica ima značilno razsvetljensko postavitev in enciklopedični razpon znanj in umetnosti. Danes se Grisonijeva knjižnica nahaja v Domoznanski čitalnici.
 |  |  |
Knjižnica manjših bratov observantov Sv. Ane je bila nedvomno največja knjižnica na Koprskem. Štela je gotovo 12.000 knjig. To je sprožilo domnevo, da je bila v samostanu v preteklosti tudi delavnica, v kateri so prepisovali in iluminirali rokopise. Od vsega gradiva je danes v zbirki popisanih 600 naslovov.
 |
|  |
Knjižnica kapucinskega samostana Sv. Marte je lepo urejena zbirka in katalogizirana v celoti. Obsega 494 naslovov knjig. Postavljena je v sejni sobi koprske knjižnice, kjer je še vidna nekdanja razporeditev gradiva po strokah.
 |  |  |
Pasquale Besenghi degli Ughi je eden največjih istrskih poetov in njegova knjižnica je po izročilu paradni konj. Knjižna zbirka, ki se hrani v istoimenski palači sestavljajo knjige, ki so le v manjšem delu pripadale rodbini Besenghi. Kar se danes hrani v izolski palači pod tem imenom je v resnici izolski župnijski fond. Številen fond 3000 knjig je danes katalogiziran in ga je možno uporabljati ob prisotnosti bibliotekarja.
Zbirka časnikarja in publicista Staneta Vilharja, brata Srečka Vilharja, predana knjižnici leta 1983, obsega 895 naslovov knjig ter 132 map arhivskega gradiva, kjer je zbrano avtorjevo gradivo za študijo o politični zgodovini Primorske.
Hranimo bogato zbirko partizanskega tiska, povečini natisnjeno na ciklostilu, ki je odigrala pomembno povezovalno in propagandno vlogo, predvsem na Primorskem v času raznorodovanja. Zbirka obsega 118 naslovov knjig ter 85 naslovov periodike.
